Page 181 - 《华中农业大学学报（自然科学版）》2022年第5期

第 5 期 闫佳兴 等：石金钱龟板来源的寡肽与环氧合酶-2 相互作用机制 175

图 9 KNGP与COX-2分子对接ROC曲线（A）及ROC的曲线下面积（B）
Fig.9 ROC curves（A）and AUC of ROC curve（B）of docking between KNGP and COX-2

表4 KNGP、阳性对照（布洛芬和对乙酰氨基酚）与COX-2的对接打分结果
Table 4 Results of molecular docking between KNGP，positive controls（ibuprofen and acetaminophen）and COX-2
负受体-配体间的总能量-ECD/(kJ/mol) 负受体-配体相互作用能量-IECD/(kJ/mol)
配体Ligands
-CDOCKER energy -CDOCKER interaction energy
KNGP 250.44 201.59
布洛芬Ibuprofen 117.25 115.19
对乙酰氨基酚Acetaminophen 61.53 71.33
3）分子对接可视化分析。分子对接的可视化结 水作用。 此外，分子与蛋白残基 Glu140 还存在静电
果如图 10A 所示，KNGP 寡肽能对接到 COX-2 活性 相互作用（盐桥和电荷吸引），与 Ser143、Asn144、

位 点 内 ，其 ECD 值 和 IECD 值 分 别 为 -250.44 Thr237、His133形成范德华力，这些相互作用加强了
和 -201.59 kJ/mol，表明 KNGP 与 COX-2 活性位点 其结合稳定性，也证明了 KNGP-COX-2 配合物结合
能更好地结合。同时，2D 图（图 10B）提供了 KNGP 后的主要作用力是氢键。上述研究结果说明 KNGP
与特定氨基酸残基相互作用的详细信息。KNGP 与 有望成为 COX-2 分子的抑制剂。总之，KNGP 主要
COX-2 的氨基酸残基 Arg216（2.80、2.37 和 1.96 Å）、 由NH基团、C=O结构、吡咯与酶活性中心的氨基酸
Asp239（2.07、2.50 Å）、Glu140（2.54 Å）、Tyr147 残基相互作用形成氢键和疏水作用，并且能与活性
（2.12 Å）、Leu238（2.87 Å）和 Ser143（1.83 Å）相互作 中心附近的氨基酸残基结合形成静电作用增强结合
用形成了 9 个氢键，其吡咯烷结构与 Phe220 形成疏 的稳定性。结合荧光光谱试验的热力学参数分析，

图 10 KNGP与COX-2对接的活性位点和特定氨基酸残基的3D（A）和2D（B）对接结果图
Fig.10 3D（A）and 2D（B）docking mode of KNGP to the active site and specific amino acid residues of COX-2